MESSENGER war am 3. August 2004 an Bord einer Delta 2-Trägerrakete gestartet worden und hatte seither schon drei Vorbeiflüge am Merkur und einen an der Venus durchgeführt. Dabei waren die Schwerefelder dieser Planeten dazu eingesetzt worden, die Geschwindigkeit der Sonde relativ zum Planeten Merkur zu verringern. Ohne diese komplexe Abfolge so genannten "Gravity Assists" wäre die Mission nicht möglich gewesen.
Das finale Retromanöver dauerte gut 15 Minuten und verringerte die Geschwindigkeit der Raumsonde um gut 3.100 Kilometer pro Stunde. Das Brennmanöver begann um 3:54 Uhr morgens mitteleuropäischer Zeit und endete um 4:09 Uhr.
Die Projektingenieure gehen davon aus, dass das Raumfahrzeug nach einer Reihe von Checks Anfang April seine Tätigkeiten in der Umlaufbahn aufnehmen kann.
Der Orbit des Raumfahrzeugs ist hoch elliptisch. Der niedrigste Bahnpunkt wird nur bei 200 Kilometer über der Oberfläche des Merkur liegen, der Scheitelpunkt der Ellipse liegt dagegen 15.000 Kilometer über dem Planeten. Dieser extrem elliptische Orbit ist zum einen vom Treibstoffbedarf für das Bremsmanöver her günstig, es ist aber auch für den Thermalhaushalt des Raumfahrzeugs nötig. In einer Höhe von nur 200 Kilometern ist die vom Merkur zurückgestrahlte Hitze viermal so hoch, wie es auf der Erde der Fall wäre, und die Raumsonde könnte sich nicht dauerhaft in dieser Zone aufhalten.
Hitze ist generell die Hauptgefahr für die Sonde. Im Orbit wird der Hitzeschild des Raumfahrzeugs immer zur Sonne weisen. Einmal am Tag wird MESSENGER die eingesammelten Daten zur Erde übermitteln. Die Datenrate ist dabei stark von der Entfernung zur Erde abhängig. Zur Zeiten der größten Annäherung von Erde und Merkur beträgt die Entfernung nur 87 Millionen Kilometer. Dann können 104.000 Bit pro Sekunde an Daten übermittelt werden. Befinden sich Erde und Merkur aber in Maximalentfernung (212 Millionen Kilometer), dann können nur noch 10 Bit pro Sekunde übermittelt werden.